La institución fue creada por Decreto Nº 02034/74 el 03/10/1974 en la ciudad de San Carlos Centro, Pcia. de Santa Fe, Dpto. Las Colonias, siendo Gobernador de la Provincia el Dr. Carlos Silvestre Begnis y Ministro de Educación Escribano Miguel Napput.
A los veinticuatro días del mes de octubre de 1974 da comienzo el ciclo lectivo según consta en el Acta Nº 1 del Ministerio de Educación, contando la institución con la siguiente planta escolar: 1 Directora organizadora, 1 Psicóloga, 2 Maestras, 1 personal de servicio. Asistían en el turno tarde 17 estudiantes.
La escuela funcionó desde su creación, en la sede actual, ubicada en Pte. Perón 341, compartiendo en los primeros años, espacios con la Escuela de Comercio N° 6 (actualmente EESO N° 213, trasladada luego a edificio propio).
Desde sus inicios, se ofreció en la escuela el servicio de comedor escolar, para sus estudiantes. Con los años, frente a necesidades alimentarias de la población infantil sancarlina, el servicio se amplía y ofrece a estudiantes de otras escuelas de San Carlos Centro.
A partir de la Resolución N° 872 del 01/09/1988, se impone el nombre de “Amelia Lina Beck Bernard” a la Escuela de Educación Especial Nº 2040, rindiendo homenaje a una escritora estrechamente unida a la historia Santafesina y especialmente a la fundación de la Colonia San Carlos (esposa de Carlos Beck fundador de la colonia).
En septiembre de este mismo año (1988) como parte de los festejos del 130 aniversario de la fundación de la colonia San Carlos se lleva a cabo la inauguración de obras de remodelación y ampliación del edificio escolar, dando respuesta a necesidades de crecimiento que se planteaban desde la modalidad.
Paulatinamente la escuela N° 2040 comienza a fortalecer redes de trabajo con escuelas primarias de la localidad y de la zona, a partir de la creación de grados radiales.
El día 5/06/1996, la Ministra de Educación Ma. Rosa Stanoevich inaugura el Servicio de Estimulación Temprana, ampliando la oferta educativa de la modalidad para la primera infancia desde los 0 a 3 años. Se da inicio así, a un gran trabajo en la localidad y una amplia zona de cobertura, acompañando a familias y escuelas de Nivel Inicial, a través de programas de prevención, detección e intervención en el desarrollo en temprana edad.
En la década del 90, la escuela se centra en iniciar sus primeras experiencias de integración escolar, las cuales se van ampliando y consolidando, avanzando a procesos inclusivos con el cierre de los Grados Radiales en la década del 2000.
Por estos años, en sede escolar, era necesario repensar la oferta formativa de adolescentes y jóvenes con discapacidad, creándose la Unidad Laboral para estudiantes de 14 a 22 años. En el año 2005 se inauguran obras edilicias con fondos nacionales y municipales, destinados al funcionamiento de esta unidad, actualmente denominada Servicio de Formación Integral.
Con el devenir de la Ley Nacional de Educación N° 26 206 (2006) y el Decreto Provincial N° 2703 (2010), la institución comienza a transitar un camino educativo centrado en la ampliación de derechos para todos los niños, niñas y adolescentes con discapacidad, con eje en procesos inclusivos en los tres niveles del sistema educativo obligatorio (Inicial, primario y Secundario).
Actualmente, la institución está conformada por 39 personas: Equipo Directivo, Equipo Interdisciplinario, Docentes en sede, Docentes de Apoyo a la Inclusión, Asistentes escolares, Secretaría.
En un emotivo acto, se celebró el acto por el medio siglo de vida, ante una masiva concurrencia, donde hubo reflexiones historias, anécdotas, canciones y algunas lagrimas que se escaparon dada la emoción.
